1998年12月24日国务院批准同意设立赣州市章贡区

今日赣州章贡，春秋为百越之地。

战国，先属越，后属楚。

秦朝，属九江郡。

西汉，高帝六年（公元前201年）置赣县。故城屡经迁徒，初在溢浆溪（今市区西南蟠龙圩一带）。

西晋，太康末年（约289年）徒葛姥城（今水东乡虎岗一带）。

东晋，永和五年（349年）迁今址，为南康郡治，故名南康。东晋义熙七年（411年）因城毁于兵火而迁贡水东（今水东乡七里镇一带）。

南朝，梁承圣元年（552年）复迁今址，为南康郡治。

隋朝，开皇九年（539年）为虔州治，城随之名虔州。因虔为“虎”字头，而别名虎头州、虎头城。隋大业元年（公元605年）为南康郡治。

唐朝，武德五年（622年）为虔州治，武德七年（624年）为南康州治，武德九年（626年）为虔州治。天宝元年（724年）为南康郡治，乾元元年（758年）复为虔州治。因隋唐时期，虔州、南康郡名屡互易，城名随之，并有虔南之别称。

五代，梁开平四年（910年）为百胜军治所。

南唐，沿袭。晋高祖二年（937年）为昭信军治所。

北宋，开宝八年为军州、虔州治所。因城居章、贡夺水合流处，北宋时曾名合流镇、又名章贡。

南宋，绍兴二十三年（1153年）二月，以虔有虔杀之义，非佳名，得旨改虔州为赣州，取章、贡二水合流之义。

元至元十四年（1277年）为赣州路治，后曾一度为岭北省治。

明、清为赣州府治，并依次为岭北道、赣南道、吉南赣道、吉南赣宁道治所。

中华民国三年（1914年）为赣南道治。

中华民国二十一年（1932年）为第十一行政区专署驻地。

中华民国二十二年（1933年）为赣南专区专员公署驻地。

中华民国二十三年（1934年）为第九行政区专员公署驻地。

中华民国二十四年（1935年）为第四行政区专员公署驻地。

中华民国二十五年（1936年）将城区设城东、城西、城南、城北、东效五镇。

中华民国三十二年（1943年）五镇合并，名赣州镇。

1949年8月15日将赣州镇从赣县划出设市，并成立赣州市人民政府。

1949年属赣西南行署区。

1950年属赣西南行署区，

1951年属赣州专区，

1954年属赣南行政区，

1964年属赣州专区，

1970年属赣州地区。

1987年，恢复设置市水上办事处（赣民函[1987]90号批复）。

1987年04月05日，沙石乡、蟠龙乡改设沙石镇、蟠龙镇（赣府厅字〔1987〕165号）。

1989年11月23日，设立蛤湖、龙埠二乡（赣民字〔1989〕149号批复）。

1997年06月05日，设立黄金街道办事处（赣民字〔1997〕116号批复）。

1993年11月17日，撤销水东乡，设立水东镇（赣民字〔1993〕167号批复）。

1998年12月24日，国务院（国函字〔1998〕114号）批复同意撤销赣州地区和县级赣州市，设立地级赣州市，市政府驻新设立的章贡区。以原县级赣州市的行政区域为章贡区的行政区域，区政府驻阳明路。