1994年12月17日国务院批准撤销巴县设立重庆市巴南区

西周至战国，属巴国地。周慎靓王五年（公元前316年），秦灭巴国；周赧王元年（公元前314年），隶于巴郡。

南北朝，南齐永明五年（487年），改江州县为垫江县；北周武成三年（561年）又改垫江县为巴县，并废枳县入于巴县，属楚州巴郡。

隋代，属渝州巴郡。

唐朝，属渝州南平郡。

宋代，先后属渝州、恭州、重庆府。

元朝，属重庆路。

明清时期，属重庆府。

民国初期，由重庆蜀军政府直辖；民国2年（1912年）属川东道（后改为东川道）；民国17年（1928年）属四川省。

中华人民共和国成立初期，属川东区巴县专区，后属璧山专区，1951年1月改属重庆市，1953年2月划属四川省江津专区，1958年11月重新隶属于重庆市。

1994年12月17日，国务院批准撤销巴县，设立重庆市巴南区。