1990年1月4日国务院批准深圳市设立南山区

东晋咸和六年（331年），宝安正式设县，南山地域属宝安县。

唐至德二年（757年），宝安县治由南头移到涌（今东莞莞城），后宝安县更名为东莞县，南山地域改属东莞县。

宋开宝五年（972年），东莞县并入增城县，南山地域属增城县。开宝六年（973年），恢复东莞县，南山地域属东莞县。万历元年（1573年），设置新安县，新安县治设于原宝安县治南头，南山地域属新安县。

清康熙五年（1666年），新安县被裁撤并入东莞县，南山地域属东莞县。康熙八年，新安县建置得以恢复，南山地域属新安县。

民国3年（1914年）1月，新安县更名为宝安县，南山地域属宝安县。

1979年1月，改宝安县为深圳市，南山地域属深圳市。

1983年9月，南头区成立，为县级建制。

1984年8月，在南头区析置蛇口区。

1990年1月4日，经国务院、省政府批准，深圳市设立福田、罗湖和南山3个市辖区，均为县级建制。